Vymodelujte dynamiku chování koherentního FFL motivu pomocí nástroje COPASI. Regulátor X uvažujte konstantní (typ proměnné "fixed"), Y a Z budou proměnné typu "reaction"). Predpokladejte konstantni pritomnost signalu sigX a sigY (jejich prubeh nemodelujte). Uvažujte Y i Z s nulovou bázovou (neregulovanou) produkcí. Zvolte produkční a degradační konstanty proteinů Y a Z shodně k = 1, g = 0.1. Prahové koncentrace regulací uvažujte shodně K = 5. Pomocí funkce "parametr scan" nástroje COPASI analyzujte, jak se mění chování příslušné iniciálním podmínkám (2) z předchozího úkolu vzhledem k různým nastavením parametru K.

coh FFL1 AND
1. Zadefinujte si X (fixed), Y a Z, globálnu konštantu K:
[slideshow] 		Species
Global quantities
2. Vytvorte nové reakcie (degY, degZ) pre degradáciu Y a Z: degY reaction
degZ reaction
3. Vymodelujte transkripčnú reakciu pre Y (trY):
Pre transkripciu budeme potrebovať novú funkciu "Rate Law". trY
Funkciu zapíšeme v COPASI ako "b*activator^n/(K^n+activator^n)". 		create reaction trY
define formula for trY
rate law
rate law
4. Zopakujeme pre Z (trZ):
Pre transkripciu a aktiváciu budeme potrebovať novú funkciu "Rate Law". trZ
Funkciu zapíšeme v COPASI ako "b*(activator1^n1)*(activator2^n2)/((K1^n1+activator1^n1)*(K2^n2+activator2^n2))". 		create reaction trZ
define formula for trY
rate law
rate law
5. Prevedieme simuláciu Time Course, zobrazíme graf koncentrácií: create reaction trZ
output assistant
run & plot
6. Prevedieme Parameter Scan, zobrazíme graf koncentrácií pre rôzne (od 2.5 do 10, 10 intervalov) hodnoty konštanty K: create parameter scan
set parameter
choose parameter
set values and ranges
run & plot