Parameter estimation v Copasi

Pokud máme otevřený model, úlohu Parameter estimation nalezneme v rozbalovacím stromu v levé části okna Copasi pod položkou Tasks. Formulář, který se otevře, umožňuje tuto úlohu na daném modelu nastavit a spustit.

Formulář pro nastavení parameter estimation v Copasi

V horní části okna je seznam všech parametrů, jejichž hodnotu má parameter estimation určit (viz obrázek níže). U vybraného parametru je možné určit jeho horní a dolní mez (nebo zaškrtnout "nekonečno", pokud není omezený) a počáteční hodnotu. Pokud chceme přidat parametr pro parameter estimation, je třeba nejprve pro něj vytvořit "slot" skrze tlačítko "nový parametr", což vytvoří "prázdný parametr" s názvem CN(Root). Aby parameter estimation probíhala na nějakém konkrétním parametru, je třeba tento prázdný slot vybrat a stisknout "určit parametr". Objeví se strom parametrů modelu, ze kterého je možné vybrat. Nejčastěji bude v podstromu Global Quantities -> Initial Values (jako v případě modelu fotosyntézy) nebo Reactions -> Reaction Parameters. Počáteční hodnoty parametrů můžou být náhodné (v rámci zadaných omezení), což určuje volba Randomize Start Values.

Nastavení parametrů v Copasi

K tomu, aby parameter estimation mohlo fungovat je ještě nutné zadat experimentální data. Po stisknutí tlačítka Experimental data se otevře vstupní okno (viz níže). Nejprve je třeba tlačítkem "nahrát experiment" nahrát soubor, který obsahuje experiment. Copasi by mělo rozeznat sloupce časové řady, které se zobrazí ve spodní části okna. Protože jde o časovou řadu, je třeba nastavit typ experimentu na Time Course (objeví se oznamovací okénko, které je možné ignorovat). Každému sloupci vstupního souboru je pak nutné určit jeho význam pomocí výběrového boxu. Jeden ze sloupců by měl obsahovat časové údaje, což většinou Copasi samo určí správně. Ostatní sloupce jsou závislé hodnoty. Po výběru dependent se otevře strom veličin modelu, ze kterého je třeba vybrat příslušnou veličinu (například Global Quantities -> Transient Values -> Funq).

Okno pro nastavení experimentu v Copasi

Ve spodní části formuláře parameter estimation je nutné vybrat heuristiku pro parameter estimation. Každá z nich má svoje parametry, které je opět možné nastavit.

V rámci testování může být užitečná volba Update Model, která způsobí, že hodnoty nalezené parameter estimation jsou zapsány rovnou do modelu a je možné přímo provést simulaci s novými hodnotami parametrů. Pokud chcete zapsat výsledek úlohy do souboru, je možné použít tlačítko Report a vybrat vhodný soubor.